Program sekolah mengacu pada program pemerintah dan program Muhammadiyah tuntunan dalam bidang pendidikan.
Adapun program SD Muhammadiyah 4 Terpadu adalah sebagai berikut :
- Program Jangka Pendek (2 Tahun) dengan :
- Mengoptimalkan pembelajaran demi tercapainya visi dan misi sekolah.
- Memanfaatkan secara bijak fasilitas sekolah yang sudah ada, dengan prinsip hemat, efektif dan efisien.
- Menambah ruang belajar, ruang-ruang pendukung pendidikan lainnya secara bertahap.
- Program Jangka Menengah (5 Tahun) dengan mengupayakan agar tahun 2020 sekolah telah memiliki gedung yang representative sesuai dengan keperluan sekolah.
- Program jangka panjang (12 Tahun) dengan :
- SD Muhammadiyah 4 Terpadu telah menjadi sekolah yang memiliki sarana dan prasarana yang lengkap.
- Memiliki guru yang cakap, berkualitas demi program sekolah, persyarikatan dan pemerintah.
- Terwujudnya sekolah yang Hijau, Bersih dan Sehat.
- Nasional baik secara mutu maupun bidang lainnya. Kurangnya ruang lainnya antara lain UKS, Aula, Perpustakaan, Kantin Sekolah, dan lain-lainnya.