Program sekolah mengacu pada program pemerintah dan program Muhammadiyah tuntunan dalam bidang pendidikan.

Adapun program SD Muhammadiyah 4 Terpadu adalah sebagai berikut :

  1. Program Jangka Pendek (2 Tahun) dengan :
    1. Mengoptimalkan pembelajaran demi tercapainya visi dan misi sekolah.
    2. Memanfaatkan secara bijak fasilitas sekolah yang sudah ada, dengan prinsip hemat, efektif dan efisien.
    3. Menambah ruang belajar, ruang-ruang pendukung pendidikan lainnya secara bertahap.
  2. Program Jangka Menengah (5 Tahun) dengan mengupayakan agar tahun 2020 sekolah telah memiliki gedung yang representative sesuai dengan keperluan sekolah.
  3. Program jangka panjang (12 Tahun) dengan :
    1. SD Muhammadiyah 4 Terpadu telah menjadi sekolah yang memiliki sarana dan prasarana yang lengkap.
    2. Memiliki guru yang cakap, berkualitas demi program sekolah, persyarikatan dan pemerintah.
    3. Terwujudnya sekolah yang Hijau, Bersih dan Sehat.
    4. Nasional baik secara mutu maupun bidang lainnya. Kurangnya ruang lainnya antara lain UKS, Aula, Perpustakaan, Kantin Sekolah, dan lain-lainnya.