Sesuai dengan tujuan Pendidikan Nasional adalah berkembangnya potensi pesera didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertakwa menjadi manusia yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan yang Maha Esa, berahlak mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, dan menjadi warga Negara yang demokratis serta bertanggung jawab.

Tujuan Pendidikan Dasar adalah meletakkan dasar kecerdasan, pengetahuan, kepribadian, akhlak mulia, serta ketrampilan untuk hidup mandiri dan mengikuti pendidikan lebih lanjut.

Seiring dengan tujuan tersebut di atas maka SD Muhammadiyah 4 Terpadu akan lebih mengimplementasikannya ke arah pendidikan yang berkualitas sehingga terwujud generasi penerus bangsa yang tangguh dan melaksanakan ajaran-ajaran Islam yang sebenar-benarnya.

Secara khusus tujuan pendidikan di SD Muhammadiyah 4 Terpadu Samarinda adalah :

1. Menanamkan nilai keIslaman kepada anak didik untuk bekal masa depannya.
2. Mengembangkan potensi siswa menuju terbentuknya insan yang berakhlakul karimah.
3. Mengembangkan potensi kemampuan anak usia sekolah dasar agar siap memasuki jenjang di tingkat selanjutnya.
4. Membentuk kepribadian Muslim yang berimtaq dan iptek menuju terwujudnya masyarakat Islam yang sebenar-benarnya.